Les policiers sont pratiquement tous morts, Kira est lui-même mortellement blessé, mais il s'échappe de sa prison. Il retourne à la demeure de son père, du moins du père du petit garçon qui était Sakuya Kira avant qu'il ne prenne possession de son corps. Le vieil homme, qu'il avait pourtant pris soin d'envoyer loin de Tokyo, est là, mourrant. Il ne pouvait pas partir, même en sachant que son vrai fils est mort.
Même s'il a devant lui une créature étrange, Kira reste son fils. Et il sait que celui qui se tient devant lui cache une terrible douleur au fond du coeur.
Pendant ce temps, Setsuna s'est créé un monde à lui, dans lequel il a enfermé son esprit. Dans son monde, Sara est toujours en vie, Kira est véritablement humain, et personne n'a été tué... Mais dans le monde réel, le père de Kira est mourrant, et l'appel du Glaive Divin réveille Setsuna. Le jeune homme, dans le dos duquel sont apparu trois ailes blanches, arrive alors auprès de son ami, le corps de Sara dans ses bras.
Ils sont bientôt rejoint par Kurai. Et c'est alors qu'apparaît l'extra-ordinaire Adam Kadamon, l'ange à 6 ailes. Il se nomme Seraphita et possède d'immenses pouvoirs. Il fige le temps sur terre, juste avant la destruction de Tokyo, mais après la mort de Sara. Il explique alors à Setsuna que si celui-ci veut sauver le monde, il devra venir en Atsilouth, le dernier niveau du Paradis, pour le sauver. Il est enfermé là-bas, et tant qu'il sera prisionnier, il ne pourra pas empêcher la destruction de Tokyo quand le temps reprendra son cours.

Il dit alors que Setsuna doit avant tout commencer par détruire le talisman offert par le Glaive Divin, créature maudite, ce qui tuera Kira. Au lieu d'obtempérer, Setsuna répare au contraire la pierre rouge,guérissant ainsi son ami. Il informe ensuite Adam Kadamon qu'avant de venir le sauver, il va aller chercher l'âme de Sara dans le monde des morts, parce qu'il veut la sauver elle aussi.
Kira plante alors le Glaive Divin, transformé en dague, dans le coeur de Setsuna. L'arme magique ne le tue pas vraiment, et lui permettra de revenir à la vie une fois sa mission accomplie.
C'est ainsi que Setsuna se retrouve en Hades, où vont toutes les âmes des humains défunts. Là, il rencontre En Raô qui le confiera à un étrange guide sensé lui permettre d'arriver jusqu'à Uriel, Archange de la Terre, et Ange de la Mort. Ce curieux guide se révèlera être Yue Katô.
Pendant ce temps, le retour au ciel de l'Ange Rochel provoque des émules. Il sauve pourtant la vie du Grand Seraphin Metatron, maître du Paradis. Mais Sevothart, le tuteur du jeune Seigneur est tout sauf ravi.
De leur coté, Kira, Arachnée et Kurai ont emmené le corps de Setsuna en sécurité en Gehenna. Ils attendent là le retour du jeune humain.
Mais Setsuna a bien des problèmes. Katô se montre souvent inammical, voir même dangereux. Il en veut à Setsuna de l'avoir tué. Et puis finalement, les autres dangers qui les guettent, comme les goules, ainsi que le grand coeur de Setsuna vont finir par les rapprocher. Jusqu'à ce qu'un nouvel acteur entre en scène...